هم‌زمان با پیروزی انقلاب اسلامی که محور اصلی آن قرآن و آموزه‌های قرآنی بود، مدارس و دانشگاه‌های کشور از فقر شدید نیروهای متخصص قرآنی رنج می‌بردند، از طرفی به‌منظور تقویت و گسترش مبانی و پشتوانه‌های علمی، فکری و عقیدتی صحیح و به‌روز؛ و همچنین به‌منظور بهره‌وری مطلوب از موقوفات قرآنی؛ در سال 1361، با عنوان «مدرسه تربیت مدرس قرآن کریم» توسط سازمان اوقاف و امور خیریه در تهران آغاز به کار کرد.

ضرورت‌های فرهنگی و آموزشی کشور و استقبال روافزون از این دانشکده‌ها، باعث شد که از سال 1373، با تأیید رسمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ، علاوه بر تهران و قم، دانشکده‌های دیگری نیز در چهارده شهر: مشهد، خوی، مراغه، کرمانشاه، شیراز، زاهدان، زابل، شاهرود، آمل، بجنورد، میبد، ملایر، سبزوار و بندرعباس تأسیس و مشغول به جذب دانشجو شوند.

با توجه به حوزه‌های متنوع فعالیت‌های قرآنی و با در نظر گرفتن امکانات موجود، تجربیات تخصصی و وجود مراکز علمی و پژوهشی، از بهمن‌ماه 1387 تا به امروز، این مجموعه با نام دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم به فعالیت خود ادامه داده و با ساماندهی 2 دانشکده دیگر در شهرهای اصفهان و خمین و مجموع هجده دانشکده علوم قرآنی، فعالیت خود را گسترش داده است.

برخی اهداف دانشگاه:

1. تربیـت نیروهای متعهد، مؤمـن و تـوانمند در حوزه علوم و معارف قرآنی در زمینه‌های تدریس، تحقیق و تبلیغ؛

2. ارائـه خدمات علمـی – فرهنگی به نهادها و سازمان‌های فرهنگی و دینی داخل و خارج از کشور در حوزه علوم و معارف قرآن کریم؛

3. ارتقاء سطح فرهنگ و دانش عموم جامعه در حوزه علوم و معارف قرآن کریم با تأکید بر ایجاد زمینه مناسب برای فعالیت همه‌جانبه مردم در این زمینه؛

4. تبادل پژوهش‌های راهبردی قرآنی با مراکز علمی و پژوهشی جهان.